专利合同纠纷案的解决方法主要包括：
1、双方当事人经协商解决；
2、通过向有管辖权的法院提起诉讼来解决。
未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决。
专利纠纷当事人不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉。法律依据：《民事诉讼法》第二十三条
因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。